על אף הידוע לגבי תועלותיו של שורש המאקה, יש לו גם חסרונות ותופעות לוואי הטומנים בחובם סיכונים למשתמש:

• מומלץ להמנע משימוש בשורש בצורתו הטבעית: הפרואנים הילידים הצורכים שורש המאקה חי סובלים מתופעות לוואי ולכן מומלץ להרתיח את השורש ולא לצרוך אותו חי.

• למי שסובל מתסמונת מטבולית, מומלץ להיוועץ במומחה לפני נטילת מאקה שכן ישנן עדויות מוגבלות על השפעתו על עליה בלחץ הדם ועליה באנזים הכבד AST. 

• שימוש במאקה לא מומלץ לאנשים הסובלים ממחלת פנילקטונוריה

• עלול לגרום למחלת גויטר בעת צריכת מינונים לא מאוזנים

• לאנשים הסובלים מבעיות רפואיות ובמיוחד למי שסובל מבעיה בבלוטת התריס, מומלץ להזהר מן השימוש בשורש המאקה. זאת משום שהוא מכיל חומרים שעשויים להשפיע על תפקודה. במיוחד אם כבר קיימת בבלוטה בעיה כבר.

• למי שסובל ממצבים רפואיים הקשורים לרגישות הורמונלית לא מומלץ להשתמש במאקה. מצבים רפואיים כאלה כוללים גם מחלות כמו סרטן השד, סרטן הרחם, סרטן השחלות, או אנדומטריוזיס. במצבים רפואיים אלה, החומרים הפעילים במאקה שעויים לפעול בדומה לאסטרוגן ולכן עלולים להזיק.

• יתר על כן, נשים בהריון או נשים מניקות מומלץ להוועץ עם הרופא המטפל באשר לשימוש במאקה, לפני תחילת נטילתו.